Münchenstein heisst bei seiner ersten schriftlichen Nennung 1196 Kekingen. Im Jahre 1270 in einer Schenkungsurkunde des Domstifts Basel taucht der Name Geckingen auf.

Der heutige Ortsname tritt erstmals 1295 in der Form Munchenstein auf. Er bedeutet: „Burgfels der Münche“.
Das Bestimmungswort Münch nimmt Bezug auf die Erbauer der nach ihnen benannten Burg, die bischöflichen Dienstleute aus dem Geschlecht der Münch. Das Grusswort Stein war früher eine häufige Bezeichnung für Burgen, die auf Felsen standen.
1334 wird in einer vom Domstift Basel ausgestellten Urkunde der Namenswechsel explizit erwähnt: Geckingen que nunc Munchenstein appellatur (Geckingen, das nun Münchenstein genannt wird).

1421 wurde der Umlaut „ö“ verwendet und das Dorf Mönchenstein geschrieben. Dieser Name konnte sich bis 1881 halten. Mit dem Gemeindegesetz von 1881 wurde die Ortsbezeichnung Münchenstein offiziell eingeführt.